1、最近一个研究热点就是复合微生物菌群，这些菌质检相互协作，提供营养，移走有害物质，通过物理和生化活动来提高他们生理上的优势，例如，当巴西固氮螺菌和糖或聚丙烯酰胺降解菌（PDB）混合使用时，构成一个代谢组合，在这个组合里，糖降解菌作为C源，而固氮螺菌为PDB提供氮源。植物研究已经表明，当固氮螺菌和其他一些微生物菌群组成复合接种剂时，固氮螺菌对植物的有益序偶用得到增强，与单个菌株相比，更能促进生长，提高产量。存进N、P、K等矿物质元素的吸收，我国在20世纪50年代初就对菌肥有初步研究，如北京农大和中国科学院微生物所协作开发的“5046”菌肥。施用此肥后，庄稼能提前出苗，根系生长发达，而且能提前成熟。同时他们还研究了“5046”菌同其他一些功能菌混合使用后的一些效果，试验表明“5046”菌能存进棕色固氮菌的生长，对钾细菌和磷细菌无抑制作用，但对圆褐固氮菌以及大多霉菌有不同程度的抑制作用，我们应该注意，菌群并不是越庞大效果就越好，菌和菌之间可能产生拮抗作用。因此我们再功能微生物菌群优化过程中，尽量避免拮抗影响，确保生物有机肥中有效活菌的数目。
2、活菌数越高活跃的越厉害，所以好氧菌株就会产生很多气体，导致包装胀壶，带有透气孔的壶盖效 果也不好。
3、生物肥液体不好保存，要不就是保存的时间比较短，液体微生物产品成品具有好保存，不产气，时间长的效果。
